Koulutoiminta alkoi nykyisessä Suomen kristillisessä yhteiskoulussa (SKYK) syksyllä 1932 nimellä Toivonlinnan lähetysopisto. Oikeus keskikoulun todistuksen antamiseen saatiin vuonna 1960, jolloin aloitti toimintansa myös lukio. Tässä vaiheessa syntyi Toivonlinnan yhteiskoulu. Ensimmäiset ylioppilaat valmistuivat 1963. Aina vuoteen 1999 asti koulu oli lukio, jossa annettiin myös perusopetusta. Toivonlinnassa on ylioppilaaksi kirjoittaneita 718 ja SKYK juhli uuden nimensä alla ensimmäistä ylioppilastaan 5.12.2006.
Uusien koululakien myötä 1999 perusopetus yhdistettiin luokiksi 1-9 ja samalla lukio erotettiin perusopetuksesta. Fyysisesti koulut ovat kuitenkin pääosin samoissa tiloissa. Yläkoulussa ja lukiossa voi opiskella myös sisäoppilaitosmuotoisena, joten koululla on asuntola kauempaa Suomesta tuleville oppilaille. Opetuksen järjestämisluvan perusteella koulu antaa kristillisiin arvoihin perustuvaa opetusta ja kasvatusta.
Suomen Kristillinen Yhteiskoulu täytti vuonna 2012 80 vuotta. Juhlavuoden päätapahtumana järjestettiin juhlaviikonloppu, jonka ohjelman tallenteet voit katsoa täältä.
