Suomen kristillinen yhteiskoulu tarjoaa laadukasta ja kristillisiin arvoihin sitoutunutta perusopetusta. Koulu palvelee yhteiskuntaa tarjoamalla kristilliseen sivistys- ja koulutusperinteeseen sekä jatkuvaan tutkimiseen perustuvan näkökulman tiedon ja kulttuurin kentälle.
Koulu noudattaa toiminnassaan valtakunnallisen perusopetuksen opetussuunnitelman perusteita, ja opetussuunnitelmassa on täsmennetty opetussuunnitelman perusteissa määriteltyjä tavoitteita ja sisältöjä sekä muita opetuksen järjestämiseen liittyviä seikkoja. Oppiaineiden opetuksessa lähdetään liikkeelle tieteenalalla vallitsevista käsityksistä tarjoamalla samalla mahdollisuutta kristillisen maailmankatsomuksen valitsemiseen ja soveltamiseen. Oppiaineet ovat sisällöltään valtakunnallisen opetussuunnitelman perusteiden sallimissa puitteissa omaleimaisia. Joissakin oppiaineissa sisältöjä on laajennettu tai painotettu kristillisestä maailmankatsomuksesta ja koulun sijainnista johtuen.
Koulun toiminta-ajatus on kiteytetty seuraavaan lauseeseen: Suomen kristillisen yhteiskoulun tehtävä on tarjota laadukasta perusopetusta kristilliseltä arvopohjalta sekä edistää oppilaiden kehitystä yhteiskuntaa rakentaviksi ja vastuullisiksi kansalaisiksi.
Suomen kristillisen yhteiskoulun opetussuunnitelma sisältää koulun omaleimaisen lähtökohdan ja eri vuosiluokilla opetettavan oppiaineksen. Siirtyminen kristillisestä koulusta kunnan peruskouluun ei tuota oppilaalle opetussuunnitelman tavoitteiden tai sisältöjen vuoksi vaikeuksia.
Ainekohtaisia tavoitteita tarkistetaan opettajakunnan palautteen perusteella vuosittain. Opettajien tulee opetuksessaan noudattaa opetuksen järjestäjän vahvistamaa opetussuunnitelmaa. Suomen kristillisen yhteiskoulun opetussuunnitelman hyväksyy koulun johtokunta.